由于自耦变压器结构上的原因，其一次绕组与公共绕组采用同相位。为了抑制三次谐波，改善电压波形，需要设置一个独立的第三绕组接成三角形，第三绕组电压比较低，故称为低压绕组。对于联络变压器来说，电力系统也有设置第三绕组的要求。仅用于改善谐波的第三绕组，容量不应小于电磁容量的35%，一般为额定容量的1/3～1／2。因此，功率的分配就有多种方式，为了防止自耦变压器在这种情况下过载或不能充分利用绕组容量，对它的主要运行方式给予如下规定：
(1)高压侧向低压侧或低压侧向高压侧送电时，变压器完全靠电磁感应传递电能，与双绕组变压器完全一样。因此，变压器最大传递容量不能超过第三绕组的容量。
(2)中压侧向低压侧或低压侧向中压侧送电时，变压器完全靠电磁感应传递电能，这种运行方式的最大传递容量也不能超过第三绕组的容量。
(3)对于作为降压用的自耦变压器，高压侧向中压侧或中压侧向高压侧送电时，其最大传递容量等于变压器的额定容量。
(4)对于作为升压用的自耦变压器，高压侧向中压侧或中压侧向高压侧送电时，由于低压绕组空载所引起的中、高压绕组之间的漏磁增加，造成大量的附加损耗，其最大传递容量应限制在额定容量的70%～80%。
(5)高压侧同时向中压侧和低压侧，或低压侧及中压侧同时向高压侧送电，是最常见的运行方式。这种运行方式的最大允许传递容量，不能超过变压器的额定容量。
(6)中压侧同时向高压侧和低压侧送电时，变压器的中压绕组（即公共绕组）成为一次绕组，所流过的最大电流不能超过中压侧额定电流的KA-1/KA倍。当中压侧向低压侧传递的容量达到中压侧的电磁容量时，中压侧不能再向高压侧传递任何容量。当中压侧向低压侧传递的容量低于电磁容量时，则中压侧仍可向高压侧传递部分容量。当高压侧和低压侧电流存在相位差时，则补充传递的这部分容量可以大于电磁容量与传递到低压侧的容量之差。