微机保护装置在运行中往往因保护装置使用不当等人为因素造成电力系统的不安全，因此对其运行做了相应的规定。
(1)现场运行人员应定期对微机保护装置进行采样检查和时钟校对。当微机保护装置直流电源恢复后，不能保证时钟准确时，应校对时钟。
(2)微机保护动作后现场运行人员应做好记录和复归信号，并将动作情况和测距结果等立即向主管调度汇报，然后复制总报告和分报告。
(3)微机保护装置出现异常时，运行人员应根据该装置的现场运行规程进行处理并立即向主管调度汇报，继电保护人员应立即到现场进行处理。
(4)微机保护装置插件出现异常时，继电保护人员应用备用插件更换插件，在更换备用插件后应对整套保护装置进行必要的检验。严禁现场修理保护插件后再投入运行，异常插件必须送维修中心或制造厂家检验。
(5)当在微机保护装置使用的交流电压、交流电流、开关量输入及输出回路或者在装置内部作业以及继电保护人员现场更改定值等情况下，应停用整套微机保护装置。
(6)带高频保护的微机线路保护如需停用直流电源，应在两侧高频保护装置停用后才允许停直流电源。