1.直接选择（P0701-P0706=15）在这种操作方式下，一个数字输入选择一个固定频率。当多个选择同时激活时，选定的频率是它们的总和（另外还需要启动ON的信号）。
2.直接选择+ON命令（P0701-P0706=16）在这种操作方式下，数字量输入既选择固定频率又具备起动功能。
3.二进制编码选择+ON命令（P0701-P0704=17）使用这种方法最多可以选择15个固定频率。各个固定频率的数值请参考上传图片。频率给定源P1000必须设置为3。
关于你所讲的“变频器与控制手柄连接后，主轴电机轴启动不能正常启动，需要把端子5和9调换一下才可以”，你的描述太粗，同时也不知道你的控制手柄是如何控制的，我无法理解你的内容。
我举个例子简单说一下二进制编码固定频率使用方法，希望对你有所帮助。
假设
P700=2命令源选择端子输入
P701=17数字输入1（端子5）二进制编码选择+ON
P702=17数字输入2（端子6）二进制编码选择+ON
P703=17数字输入3（端子7）二进制编码选择+ON
P704=17数字输入3（端子8）二进制编码选择+ON
P1000=3选择固定频率
P1001=10固定频率1为10Hz
P1002=15固定频率2为15Hz
P1003=20固定频率3为20Hz
P1004=25固定频率3为25Hz
当端子8与端子9接通时，变频器以25Hz运行。
（端子5及端子6与端子9接通也可以）
当端子5及端子7与端子9接通时，变频器以30Hz运行。
当端子6及端子7与端子9接通时，变频器以35Hz运行。
（端子5及端子8与端子9接通也可以）
当端子6及端子8与端子9接通时，变频器以40Hz运行。
当端子7及端子8与端子9接通时，变频器以45Hz运行。
（端子5、端子6、端子7与端子9接通时也可以）
当端子5、端子6、端子8与端子9接通时，变频器以50Hz运行。
端子9为公共的DC24V，上面的例子你看明白了，你就好找到问题所在啦。